Século XIX: Guerras e Abandono
Em 1811, a fortaleza foi ocupada por forças patriotas, mas pouco depois foi invadida por tropas portuguesas. Esse período coincidiu com os eventos que levaram ao Êxodo para o Oriente.
Entre 1825 e 1828, durante a Cruzada Libertadora, o Coronel Leonardo Olivera realizou importantes ações contra as forças do Império Brasileiro na região.
Durante os governos de Rivera e Oribe (1830-1843), Santa Teresa funcionou como posto de vigia na fronteira, monitorando os movimentos militares.
Em 1895, a fortaleza foi utilizada como prisão, o que deteriorou ainda mais suas estruturas.
Ao final do século XIX, estava praticamente abandonada, com suas pedras sendo saqueadas e dunas de areia avançando, ameaçando soterrar a estrutura.